Thomas A. Daly nació el 30 de abril de 1960 en San Francisco. Se licenció en la Universidad de San Francisco en 1982; obtuvo un máster en Divinidad en el Seminario de San Patricio de Menlo Park, California, en 1987; y un máster en Educación en el Boston College en 1996. Fue ordenado sacerdote de la archidiócesis de San Francisco en 1987.
El Papa Benedicto XVI le nombró obispo auxiliar de la diócesis de San José el 16 de marzo de 2011. Fue ordenado el 25 de mayo de 2011. El Papa Francisco lo nombró séptimo obispo de Spokane el 12 de marzo de 2015. El Obispo Daly fue instalado el 20 de mayo de 2015 en la Catedral de Nuestra Señora de Lourdes en Spokane. Actualmente es presidente del Comité de Educación Católica de la USCCB.